국고보조금 통합관리지침 2026
집행·계약·정산 핵심 조항 정리

국고보조금을 받는 보조사업자는 「보조금 관리에 관한 법률」과 이 지침에 따라 보조금시스템(e나라도움)으로 집행하고 정산합니다. 부처별 운영지침과 함께 적용되므로 두 기준을 모두 확인해야 합니다. 이 글은 정산에서 실제로 문제가 되는 집행ㆍ계약ㆍ정산 조항을 원문 그대로 정리했습니다.

1. 사용 방식과 증빙 — 제18조

① 보조금 사용방식은 보조금 입ㆍ출금 계좌에서의 계좌이체(지로를 포함한다) 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니한다) 사용만을 인정하며, 이때 카드 매출전표 등의 증빙자료는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다.

제18조(보조금 사용 및 증빙자료 제출 방법) 제1항 · 원문 PDF 11쪽

② 보조금 지출거래시 세금계산서는 전자세금계산서를 사용하여야 하며, 이때 전자세금계산서는 보조금시스템에 전자적형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다.

제18조 제2항 · 원문 PDF 11쪽

교통ㆍ통신시설 미비 등으로 이 방식이 곤란한 경우만 예외이며, 이때는 중앙관서가 추가 증빙이나 현장조사를 요구할 수 있습니다(제3항). 현금 지급, 개인 카드, 종이 세금계산서는 원칙적으로 인정되지 않습니다.

2. 보조사업비카드와 제한 업종 — 제19조

① 보조사업자는 보조금 입출금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용함을 원칙으로 하며, 복수 발급하여 사용할 수 있다.

제19조(카드사용 및 제한) 제1항 · 원문 PDF 11쪽

② 보조사업자는 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표 1의 업종에는 보조사업비를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업의 목적에 부합하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제19조 제2항 · 원문 PDF 11쪽

③ 보조사업자는 별표 1의 업종으로 지정되지 않은 경우에도 보조사업의 목적과 무관한 업종에 대하여는 보조사업비를 사용해서는 안된다.

제19조 제3항 · 원문 PDF 11쪽

제한 업종 목록(별표 1)은 본문과 별도로 실려 있어 이 글에 옮기지 않았습니다. 국가법령정보센터 원문의 별표를 확인하세요. 별표에 없는 업종이라도 사업 목적과 무관하면 쓸 수 없다는 점(제3항)이 정산에서 자주 놓치는 부분입니다.

3. 별도 계정과 계좌 — 제20조

① 보조사업자는 「보조금법」 제34조에 따라 교부받은 보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 구분하여 회계처리를 하여야 한다.

제20조(별도 계정 등) 제1항 · 원문 PDF 11쪽

보조사업별로 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며 담보가 설정되지 않은 보통예금 등으로 계좌를 따로 열어야 하고, 특별한 사유가 없으면 바꿀 수 없습니다(제2항). 보조사업이 2개 이상이면 계좌도 따로 써야 하고(제3항, 예탁기관 예탁 사업 예외), 수익금이 생기면 그것도 별도 계좌로 관리합니다(제4항).

4. 계약: 2천만 원 기준·쪼개기 금지·수의계약 견적 — 제21조·제21조의2

민간보조사업자 등이 아래 금액을 넘는 계약을 맺을 때는 조달청 또는 지방자치단체에 위탁하거나 나라장터를 이용해야 합니다(제21조제2항).

출처: 제21조(보조사업 관련 계약) 제3항, 원문 PDF 12쪽.

⑤ 보조사업자는 보조사업 관련 계약을 체결하는 경우 계약일로부터 15일 이내에 보조금시스템에 계약서를 등록하여야 한다.

제21조 제5항 · 원문 PDF 12쪽

⑦ 중앙관서의 장은 제3항 각 호의 금액 기준에 관하여 보조사업자나 간접보조사업자가 계약을 부당하게 여러 건으로 나누는 방식으로 절차를 우회하지 않도록 감독하여 계약 절차가 실질적으로 적용되도록 하여야 한다.

제21조 제7항 · 원문 PDF 12쪽

사적이해관계자(「공직자의 이해충돌 방지법」 제2조의 범위를 준용)와의 거래 등으로 보조금이 부정하게 쓰이지 않도록 관리하는 것도 같은 조에 있습니다(제8항).

수의계약은 견적 2개 이상 (제21조의2)

② 제1항에 따라 수의계약을 체결하고자 할 때에는 사전에 최소 2개 이상의 업체로부터 견적을 받아 집행금액의 적정성 등을 확인한 후 계약을 체결하여야 한다.

제21조의2(보조사업 관련 계약방식) 제2항 · 원문 PDF 13쪽

계약은 원칙적으로 일반경쟁이고, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」의 사유가 있을 때만 수의계약을 할 수 있습니다(제1항). 견적서 제출이 어렵거나 제출자가 1인뿐일 것으로 예상되는 경우 등 중앙관서의 장이 인정하면 견적 2개 요건의 예외가 됩니다.

5. 자기부담금 우선 집행 — 제23조

① 중앙관서의 장은 보조사업자가 자기부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자기부담금을 우선 집행하도록 하여야 한다.

제23조(보조사업자의 자기부담금 집행) 제1항 · 원문 PDF 13쪽

연간사업계획에 없던 추가 자부담, 국비ㆍ지방비 매칭사업 등은 예외입니다(제2항). 실적보고 사유가 생길 때까지 자기부담금을 확보하지 못하면 보조금 반납이나 차년도 감액 조치를 받을 수 있습니다(제6항).

6. 이월 — 제25조

① 보조사업자는 보조금을 교부받은 후 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다.

제25조(보조사업비의 이월) 제1항 · 원문 PDF 14쪽

연도 내 지출원인행위를 했지만 불가피하게 지출하지 못한 경비, 인건비 등 경상적 경비, 입찰공고 후 협상 계약으로 오래 걸리는 경비 등은 이월할 수 있습니다(제2항). 다만 해당연도 말까지 이월명세서를 붙여 중앙관서의 장의 승인을 받아야 하고, 이월액은 다른 용도로 쓸 수 없습니다(제3항).

7. 실적보고·집행잔액 반납·검증·자료보관 — 제26조~제31조

사업이 끝나거나 회계연도가 끝나면 정산보고서를 포함한 실적보고서를 내고, 집행잔액, 보조금 이자, (교부조건에 명시된 경우) 수익금을 반납합니다(제26조제1항). 반납할 집행잔액은 보조금시스템의 재원별 사용금액 잔액을 기준으로 합니다(제3항).

② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다.

제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납) 제2항 · 원문 PDF 15쪽

정산보고서 검증은 「보조금법」 제27조제2항과 시행령 제12조의2에 따르고, 검증 방법은 「보조사업 정산보고서 검증지침」을 따릅니다(제28조). 검증기관이 고의ㆍ중과실로 중대한 오류를 내면 그 기관은 3년간 검증기관으로 선정할 수 없게 됩니다(제29조).

① 보조사업자 등은 보조사업의 수행, 정산, 회계감사 등과 관련된 자료를 5년간 보관하여야 한다.

제31조(자료보관) 제1항 · 원문 PDF 16쪽

카드 사용내역ㆍ세금계산서를 정보처리시스템으로 받은 경우 종이 원본을 따로 출력하지 않고 전자적으로 보관할 수 있고, 보조금시스템에 제출해 등록된 자료는 따로 보관하지 않아도 됩니다(제31조).

8. 정산 전 점검표

이 글은 지침의 일부 조항만 다룹니다. 별표 1(카드 사용 제한 업종), 「보조사업 정산보고서 검증지침」ㆍ「보조사업자 회계감사 세부기준」, 부처별 운영지침, 30억 원 이상 시설공사(제22조), 부정수급 관련 조항은 포함하지 않았습니다. 지방보조금은 「지방보조금 관리기준」 등 다른 체계를 따릅니다. 법률 자문이 아니며, 적용 전에는 국가법령정보센터의 최신 원문과 교부조건을 확인하시기 바랍니다.