국가연구개발사업 연구개발비 사용기준 2026
정산에서 자주 걸리는 조항 정리
「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」은 국가연구개발사업의 연구개발비를 어떻게 계상하고 쓰는지 정한 고시입니다. 이 글은 그중 정산검토에서 지적이 자주 나오는 조항을 골라, 원문을 그대로 인용하고 실무에서 무엇을 확인하면 되는지 정리했습니다.
1. 연구개발비로 계상하면 안 되는 비용 — 제21조제4항
제21조제4항은 연구개발비로 계상할 수 없는 비용을 일곱 가지로 정해 둡니다. 정산에서 불인정으로 이어지는 경우가 많아 집행 단계부터 걸러 내는 것이 좋습니다.
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
제21조(연구개발비 공통 계상기준) 제4항 · 원문 PDF 9쪽
| 호 | 원문 |
|---|---|
| 1 | 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등에 해당하는 금액(실제 환급받지 아니한 경우에도 해당한다) |
| 2 | 주류 등 유흥성 비용 |
| 3 | 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 중복계상으로 발생하는 비용 가. 동일한 비용을 2회 이상 중복계상 나. 동일한 비용을 현금과 현물로 중복계상 다. 동일한 비용을 직접비와 간접비로 중복계상 |
| 4 | 하나의 연구개발과제에서 동일한 참여연구자에게 인건비와 학생인건비를 동일기간에 계상하여 발생하는 비용(참여연구자의 입학, 졸업 등 신분상 변동이 있는 경우에는 제외한다) |
| 5 | 연구개발기관 내부 및 하나의 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관 간 발생하는 비용(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용은 제외한다) |
| 6 | 영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용 |
| 7 | 중앙행정기관의 장이 인정하지 아니한 연구개발기관 내부 연구공간 및 외부 연구공간에 대한 임차료 |
실무에서 확인할 것
- 부가가치세(제1호) — 환급받을 수 있는 부가가치세는 실제로 환급받지 않았어도 계상할 수 없습니다. 공급가액과 부가세가 함께 집행된 건은 기관의 환급 가능 여부부터 확인합니다.
- 중복계상(제3호) — 같은 영수증이 두 번 올라갔는지뿐 아니라, 현금과 현물로 두 번, 직접비와 간접비로 두 번 잡힌 경우도 해당합니다.
- 내부거래(제5호) — 거래처가 연구개발기관 자신이거나 같은 과제를 수행하는 공동연구기관이면 원칙적으로 계상할 수 없습니다. 다만 같은 호 가목~다목의 예외(대학 내 별도 사업자의 부대시설, 비영리기관의 공동활용 연구시설ㆍ장비 사용료, 자체 분석기관의 시험분석, 비영리기관 중앙창고 구매, 단독 판매처 등 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우, 정부출연 연구개발기관과 분원 간 비용 등)는 제외됩니다. 예외마다 요건이 다르므로 원문의 목을 확인합니다.
- 계열사 거래(제6호) — 법인이 나뉘어 있어도 인력과 물자가 실질적으로 구분되지 않으면 해당합니다. 대표자·임원이 겹치거나 주소가 같은 거래처는 구분이 명확한지 소명 자료를 받아 둡니다.
2. 연구개발비 공통 인정기준 — 제22조
계상한 대로 사용 (제1항)
연구개발기관의 장은 연구개발비를 계상한 바에 따라 사용하여야 한다.
제22조(연구개발비 공통 인정기준) 제1항 · 원문 PDF 9쪽
증명자료 구비 (제2항)
연구개발기관의 장은 연구개발비 사용(재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유 발생에 따라 물품 및 서비스를 위한 계약이 취소ㆍ변경되어 수수료 등 부대비용이 발생하여 사용한 것을 포함한다)을 입증할 증명자료를 갖추어야 한다.
제22조 제2항 · 원문 PDF 9쪽
구매ㆍ검수 (제3항)
연구개발기관의 장은 연구시설ㆍ장비와 연구재료(연구활동비 또는 간접비로 구매하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 구매하는 경우 자체규정에 따라 구매ㆍ검수하여야 한다.
제22조 제3항 · 원문 PDF 10쪽
같은 항 단서: 법 제2조제3호나목, 라목 및 바목의 연구개발기관은 100만 원 이하의 연구재료를 구매하는 경우(연차별 1,000만 원 이내) 검수 절차를 간소화하고 검수확인서 외에 추가 증명자료를 갖추지 않는 것으로 자체규정을 마련할 수 있습니다.
연구개발기간 내 사용 (제4항)
연구개발기관의 장은 연구개발비를 연구개발기간 종료일 이전에 사용하여야 한다.
제22조 제4항 · 원문 PDF 10쪽
같은 항 단서에 따라 다음 비용은 종료일 이후에도 쓸 수 있습니다.
| 비용 | 사용 가능 시점 |
|---|---|
| 보고서 발간 및 평가 관련 비용(시험분석결과서 발행 비용 포함), 정산 수수료, 공공요금, 제세공과금 | 연구개발비 사용실적 보고일까지 |
| 연구수당 | 연구개발비 사용실적 보고일까지 |
| 연구개발기간 종료일 이전에 지출원인행위한 금액(연구개발기간 중 사용한 소프트웨어의 후불지급 사용액 포함) | 연구개발비 사용실적 보고일까지 |
| 논문게재료, 저술출판비용 | 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우 종료일부터 2년 후까지 |
결제 수단 (제5항)
연구개발기관의 장은 직접비를 사용할 때에 연구비카드를 사용(연구비카드를 발급받기 전에 법인명의의 카드를 사용한 것을 포함한다)하거나 계좌이체의 형태로 사용하여야 한다.
제22조 제5항 · 원문 PDF 10쪽
외국 물품의 수입 등 연구비카드나 계좌이체를 쓸 수 없는 경우에 한해 지폐나 주화를 사용할 수 있습니다(같은 항 단서).
3. 연구개발비사용액부당회수 금지 — 제33조
연구개발기관 소속 임직원(고등교육법 제14조 제2항에 따른 교원을 포함한다. 이하 같다) 또는 참여연구자는 정당한 사유없이 연구개발비에서 사용된 금액의 전부 또는 일부를 돌려받는 행위(이하 "연구개발비사용액부당회수"라 한다)를 하여서는 아니 된다.
제33조(연구개발비사용액부당회수 등 금지) 제1항 · 원문 PDF 16쪽
같은 조 제2항은 인건비ㆍ학생인건비를 지급하지 않거나 지급한 뒤 회수해 관리ㆍ사용하는 행위("인건비부당회수등")도 금지합니다. 제4항은 이 두 가지를 「국가연구개발혁신법」 제13조제3항에 따른 사용용도 위반으로 봅니다.
④ 연구개발비사용액부당회수 및 인건비부당회수등은 법 제13조제3항에 따른 연구개발비의 사용용도를 위반한 행위로 본다.
제33조 제4항 · 원문 PDF 16쪽
정산 자료에서는 특정 거래처에 지출이 몰리거나, 대표자ㆍ임원이 겹치는 거래처에 고가로 지급된 건이 확인 대상이 됩니다. 이런 정황은 위반의 증거가 아니라 소명을 요청할 신호입니다.
4. 사용절차와 시스템 입력 기한 — 제70조
연구책임자 발의 (제1항)
연구개발비는 연구개발기관의 장이 사용하여야 한다. 이 경우 직접비 중 다음 각 호의 사용용도에 해당하는 경우에는 연구책임자의 발의를 거쳐야 한다.
제70조(연구개발비 사용절차) 제1항 · 원문 PDF 29쪽
대상은 연구시설ㆍ장비비(제101조제1항에 따라 통합관리하는 연구시설ㆍ장비비 제외), 연구재료비, 연구활동비, 연구수당입니다.
연구비통합관리시스템 입력 기한 (제2항ㆍ제3항)
| 구분 | 입력 기한 |
|---|---|
| 일괄지급 과제 — 연구개발비카드 사용 | 카드 결제대금이 이체되는 날부터 5일 이내 |
| 일괄지급 과제 — 그 밖의 경우 | 연구개발비를 사용한 날부터 5일 이내 |
| 건별지급 과제 — 연구개발비카드 사용 | 카드를 결제한 날부터 카드결제대금이 이체되는 날의 전일까지(증명자료 포함) |
| 건별지급 과제 — 그 밖의 경우 | 연구개발비를 사용하기 전(증명자료 포함) |
| 일괄지급 과제의 인건비ㆍ학생인건비 | 해당 회계연도 종료일까지 입력할 수 있음 |
| 일괄지급 과제의 제22조제4항 각 호 비용 | 사용실적 보고일까지 입력할 수 있음 |
출처: 제70조 제2항ㆍ제3항, 원문 PDF 29~30쪽.
5. 증명자료 보관 — 제72조
연구개발기관의 장은 연구개발비 사용에 관한 증명자료를 연구개발과제(연구개발과제가 단계로 구분된 경우 해당 단계를 말한다)가 종료된 후 5년간 보관하여야 한다.
제72조(연구개발비 사용 증명자료의 보관) 제1항 · 원문 PDF 30쪽
요건을 갖춘 전자문서ㆍ전자화문서로 보관할 수 있고(제2항), 법 제20조에 따른 통합정보시스템에 제출해 등록된 자료는 보관한 것으로 봅니다(제3항).
6. 정산 전 점검표
| 확인할 것 | 근거 |
|---|---|
| 협약 때 계상한 비목ㆍ금액대로 썼는가 | 제22조① |
| 집행 건마다 사용을 입증할 증명자료가 있는가 | 제22조② |
| 연구시설ㆍ장비, 연구재료 구매에 자체규정에 따른 검수 기록이 있는가 | 제22조③ |
| 연구개발기간 종료일 이후 집행분이 예외 항목(보고서 발간ㆍ정산 수수료 등)에 해당하는가 | 제22조④ |
| 직접비를 연구비카드나 계좌이체로 썼는가 | 제22조⑤ |
| 환급 가능한 부가가치세ㆍ관세가 포함되지 않았는가 | 제21조④1호 |
| 주류 등 유흥성 비용이 없는가 | 제21조④2호 |
| 같은 비용이 두 번, 현금ㆍ현물로, 직접비ㆍ간접비로 겹쳐 잡히지 않았는가 | 제21조④3호 |
| 거래처가 기관 자신ㆍ공동연구기관ㆍ구분이 불명확한 계열사가 아닌가 | 제21조④5호ㆍ6호 |
| 지급한 금액이 임직원ㆍ참여연구자에게 되돌아가지 않았는가 | 제33조① |
| 연구책임자 발의 대상 비목에 발의 기록이 있는가 | 제70조① |
| 연구비통합관리시스템 입력 기한을 지켰는가 | 제70조② |
이 조항들로 검토파일을 대조합니다
Rusello는 정산 서류를 이 고시의 조항 단위로 대조해, 위반 가능성이 있는 집행 건에 원문 조항과 면수를 붙여 보여 줍니다. 판정은 검토자가 확정합니다. 이미 제출한 회차 자료로 먼저 진단해 볼 수 있습니다.
이 글은 고시의 일부 조항만 다룹니다. 비목별 사용용도와 계상기준(제2장 제2절 이하), 별표ㆍ서식은 포함하지 않았습니다. 사업별 관리지침이나 협약에 따로 정한 기준이 있으면 그 기준도 함께 확인해야 합니다. 법률 자문이 아니며, 적용 전에는 국가법령정보센터의 최신 원문을 확인하시기 바랍니다.